宇宙移民与宇宙战争的历史——宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史“Regild Century（R.C.）”，并开始了繁荣与和平的生活。R.C.1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery（光子电池），故被视为是圣地。其守护组织Capital Guard的候补生贝鲁利・杰纳姆(塞纳姆)在初次驾驶MS飞行的时候遭到所属不明MS "G-SELF"的攻击。贝鲁利使用作业用MS"雷克丁"与其交战并成功捕获它。 然而″G-SELF"的驾驶者，名为艾达・雷汉顿的宇宙海贼少女却对贝鲁利产生了某种感觉。不满足特定条件便不会启动的“G-セルフ"对ベルリ(贝鲁利)产生了某种反应。宇宙海贼和艾达的目的、被″G-SELF"选中的贝鲁利的命运、令R.C.全体动摇的真相――这一切只不过是“Reconguista”的开始。
