等龙马知道武市半平太入狱的消息时，已经是文久三年（1863）九月底的事了，政变之后土佐藩开始镇压勤王党党羽，幕府也展开对攘夷派残党的搜捕，龙马只得压抑着对半平太和以藏的牵挂，一心投入到学习中去。 土佐藩前藩主山内容堂公派人来到大坂胜塾下令让土佐的藩士全部回藩，胜塾的人称这里是幕府海军奉行的私塾，把他们赶了出去，于是拒绝回藩的龙马又成了脱藩浪人。龙马收到姐姐的来信，尽管龙马是脱藩之身，但家人都支持他，希望他能够达成自己的志向再平安回来，并随信给龙马寄了些钱。 以藏被人追杀，他希望夏可以陪自己一起逃离京都，可是夏早听幕府的人说以藏杀了很多人，土佐藩和幕府的人都在追杀以藏，看到夏如此恐惧以藏无奈的离开了，龙马知道这个情况后马上开始寻找他的下落。 与此同时，在土佐对武市的审讯开始了，他对罪名表示一概不知，只宣称效忠于前藩主。武市半平太发起的尊王攘夷运动，已经消亡殆尽，幕府已无力阻止西方的经济侵略。
