三人的转属命令，令一直支持大天使号的机组人员开始动摇。一波未平，一波又起，大天使号被命令离开所属的第8舰队，加入阿拉斯加总部的驻守队伍。对于宇宙母舰要驻守地球一事，舰上成员不禁心生疑虑。 另一方面，札夫特军在卫星轨道、地面基地，以及在海中航行的潜水舰，陆续完成布防。最高评议会议长萨拉表示，为了早日结束战争，最终决定发动「割喉作戰行動」。这次作战的真正目标，并不是当初预定的巴拿马，而是地球军总部所在地阿拉斯加。 然而，负责迎击的阿拉斯加总部，却设下了空城计。无视转职命令而返回总部的穆，遇上潜入了这个无人基地的克鲁泽，二人发生激烈枪战。但克鲁泽只是一味地逃走，途中更掳走了偶然遇上的芙蕾，然后逃出基地。 一直在克莱因府疗伤的基拉，为了守护阿拉斯加的同伴，以及寻找战斗的意义，决定返回地球。拉克丝交给他一样东西，那就是「新剑」，即札夫特开发的最新锐MS自由高达！
