Três anos se passaram desde o fim da série baseada no mangá original. A Terra e a Federação de Júpiter entraram em desacordo constante. No entanto, Akito e Yurika estão desaparecidos, dados como mortos, e uma nova ameaça à paz aumenta. Um adulto chamado Ruri Hoshino, como o novo capitão da nave de guerra Nadesico B, prepara-se para resolver os mistérios.
