Black Jack is een 'ongeregistreerde' arts met een vertroebeld, mysterieus verleden. Hij werkt samen met zijn kleine assistent Pinoko (die een enorme verliefdheid heeft op de dokter) en houdt zich bezig met medische gevallen die niet erg bekend zijn, die vreemd, gevaarlijk of helemaal niet bekend kunnen zijn. Maar hij is een genie en kan bijna het leven van zijn patiënten redden (zolang ze er het geld voor hebben, tenminste), en is bekend bij velen over de hele wereld, vooral bij die van de geneeskunde en de wetenschap. Hij is zelf een man van de wetenschap, en gelooft niet veel totdat hij het heeft gezien, maar toch wordt hij vaak verrast door liefde en natuur die vaak de wetenschap overheersen waarop hij zijn leven baseert.
