Juan Diego schittert als San Juan de la Cruz (St. Johannes van het Kruis), de legendarische 16e-eeuwse dichter-profeet. Aangespoord door de geest van Santa Teresa de Jesus, vocht San Juan om hervormingen in de Karmelietenorde door te voeren. Net als veel andere visionairs werd hij als een ketter beschouwd en prompt onderworpen aan de meest afschuwelijke martelingen. Schrijver-regisseur Saura slaagt erin verschillende parallellen te trekken tussen de religieuze vervolging van de jaren 1700 en het politieke despotisme van het fascistische Spanje.