학급반장인 사사다는 오래된 학교건물의 허물기 전에 마지막으로 담력 테스트를 주최하고, 나츠메는 친구들의 강요에 못 이겨 반강제적으로 이에 참가하게 된다. 그리고 한때 인간을 좋아했던 복신이 욕심 많은 인간에게 붙잡혀와 무서운 요괴 시그레가 되었는데 그 장소가 바로 그 건물이 있던 자리였다는 이야기를 듣는다. 시그레의 이야기를 해준 사사다는 나츠메에게 요괴를 볼 수 있냐는 질문을 하며, 사실은 자신이 그곳에서 신세를 졌던 시그레를 만나고 싶다며 도움을 요청한다. 건물을 허물고 나면 다시는 시그레에게 고마움을 표시할 기회가 없기 때문이다. 한편 담력테스트를 시작하고 얼마 뒤, 반 친구들이 하나둘씩 모습을 감추는데, 나츠메는 인간에게 복수하려는 시그레의 짓임을 알게 된다. 다급히 시그레를 찾은 나츠메는 마음 한 구석에 인간에 대한 애틋함이 남아있는 시그레의 기억을 일깨워주고, 사사다도 마지막의 순간 시그레와 재회한다.
