서기 2045년. 신 마크로스급 7번함 마크로스 7은 심우주에서 이민 임무를 수행 중이다. 선단 내에는 100만 명이 거주하고 있다. 바사라와 밀레느가 소속된 록 밴드 파이어 봄버가 주 거주함 시티 7에서 야외 공연을 펼치던 중 마크로스 7은 정체 모를 적들에게 습격당한다. 통합군의 정예 부대가 고전하는 가운데 밴드의 리드 보컬이자 기타리스트인 바사라가 붉은색 발키리를 몰고 전장에 난입한다. 무기를 쓰지 않고 격렬하게 노래하며 맞서는 바사라의 모습에 적도 아군도 당황한다. 통합군은 의문의 적이 인간의 생명 에너지 스피리쳐를 노리고 있으며, 승리의 열쇠는 바사라가 부르는 노래의 힘에 있다는 사실을 깨닫게 된다.
