Alcuni giorni seguenti alla morte dell'agente Kate Todd, la squadra si accorge a poco a poco che la donna non è stata presa per errore ma Ari l'ha uccisa volontariamente. Ari stesso si apposta al di fuori della sede dell'NCIS e spara un colpo mancando Abby e Tony. Le altre organizzazioni federali però non credono che la loro talpa possa aver ucciso Kate e difatti Gibbs non ha prove che lo possano confermare. Fanno la loro prima comparsa Jennifer Shepard, il nuovo direttore dell'NCIS di Washington DC e ex compagna di squadra e di vita di Gibbs, e Ziva David, agente Mossad il cui compito è impedire che Gibbs uccida Ari. Ari chiama il dottor Ducky Mallard e lo convince ad incontrarlo da solo per raccontargli la sua versione dei fatti..
