Druhá sezóna pokračuje tam, kde první skončila, a popisuje dobrodružství nesourodé flotily lidí, kteří jako jediní přežili ničivý jaderný útok robotických Cylonů. Brzy se však ukáže, že tuto křehkou společnost ohrožuje víc než vnější síly. Obrovský strach, paranoia a politické ambice - klasické pohromy pro rozvíjející se civilizace - už tak vyčerpanou flotilu vyčerpávají.
